Origine, transmission, contagion... Ce que l'on sait et ce que l'on ignore encore sur le Covid-19

La maladie a fait plus de 170 000 morts dans le monde, depuis sa détection en Chine, en décembre dernier. Franceinfo fait le point sur les connaissances scientifiques actuelles sur le virus et les zones d'ombre qui restent à éclaircir

Un laboratoire où sont développés des tests sérologiques, à l'hôpital San Matteo, dans la ville italienne de Pavia, le 20 avril 2020. (NICOLA MARFISI / MAXPPP)

"Nous progressons à la vitesse de l'éclair, on va très vite dans la recherche." Voici ce qu'a déclaré l'infectiologue Florence Ader, professeure de pneumologie à Lyon, aux commandes de l'essai clinique Discovery, au moment d'évoquer le Covid-19 lors du point de situation sur l'épidémie de coronavirus, dimanche 19 avril.

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Depuis la détection du nouveau coronavirus SARS-CoV-2, en décembre dernier à Wuhan (Chine), les scientifiques ont récolté des données sur l'identité du virus, sa transmission ou encore son évolution. Mais de nombreux mystères persistent. Franceinfo fait le point sur les connaissances actuelles et les questions en suspens.

Ce que l'on sait

La famille à laquelle appartient le virus. Le SARS-CoV-2 est un agent infectieux issu de la famille bien connue des coronavirus. Ces virus, entourés d'une capsule de protéines en forme de couronne ("corona" en latin), provoquent des infections des voies respiratoires et sont très courants chez certains animaux, comme la chauve-souris et le dromadaire. On sait aujourd'hui que le SARS-CoV-2 appartient au même groupe que le syndrome respiratoire aigu sévère (Sras) qui a tué environ 800 personnes en 2003, et le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (Mers), apparu en 2012 et responsable de plus de 500 morts.

Le génome du virus. C'est la "carte d'identité" du virus, a expliqué Florence Ader. Un virus est porteur d'informations génétiques, un ensemble de gènes que les scientifiques appellent "génome". Le nouveau coronavirus, d'abord baptisé 2019-nCoV, puis SARS-CoV-2, a été découvert par les autorités chinoises et l'Organisation mondiale de la santé (OMS), le 9 janvier 2020. Trois jours plus tard, les autorités chinoises ont réussi à séquencer le génome du virus, c'est-à-dire à repérer de quels gènes il est composé, pour en savoir plus sur leurs caractéristiques et leur fonctionnement, explique Sciences et Avenir. "La séquence du génome des pathogènes est cruciale pour développer des tests de diagnostic spécifiques et identifier les options d'intervention potentielles", précise Sylvie van der Werf, responsable du Centre national de référence des virus respiratoires à l'Institut Pasteur. C'est une première étape dans l'élaboration d'un vaccin. L'Institut Pasteur a séquencé entièrement à son tour le génome du coronavirus, en analysant des résultats français et en les comparant aux autres séquençages réalisés dans le monde, le 29 janvier.

Les principaux modes de transmission. La contamination entre humains se fait essentiellement par voie respiratoire. Le virus se transmet par des gouttelettes de salive, des sécrétions invisibles, projetées lorsqu'une personne tousse ou qu'elle éternue. Les scientifiques estiment que cela nécessite une distance rapprochée. C'est la raison pour laquelle il est recommandé de se tenir à plus d'un mètre de chaque personne. Il est également possible d'être contaminé par contact physique, en touchant un objet infecté puis en portant sa main au visage (yeux, nez, bouche). Une étude américaine publiée dans le New England Journal of Medicine tend à montrer que le virus peut rester plusieurs heures, voire plusieurs jours, sur certaines surfaces (plastique, acier inoxydable, carton…). Les durées maximales sont toutefois théoriques.

Les symptômes de la maladie. La maladie, le Covid-19, se matérialise d'abord par des symptômes peu spécifiques, comme des maux de tête, des douleurs musculaires ou de la fatigue. Dans un second temps, une fièvre supérieure à 38 °C ainsi qu'une toux sèche apparaissent. Certains patients présentent également une congestion et un écoulement nasal, des maux de gorge ou une diarrhée, note l'OMS. Le virus peut aussi provoquer des pertes d'odorat et de goût. Ces dernières semaines, certains malades ont également signalé des problèmes cutanés, comme des formes d'engelures ou des rougeurs persistantes. La connaissance grandissante des symptômes de la maladie permet "d'écourter les temps de diagnostic", relève Florence Ader. Les scientifiques savent également que certains patients sont asymptomatiques, c'est-à-dire porteurs du virus mais sans développer de signes cliniques.

La chronologie de la maladie. Elle est "assez bien connue", selon Florence Ader. La période d'incubation, c'est-à-dire le délai avant l'apparition des premiers symptômes, est estimée en moyenne à cinq jours, avec des extrêmes pouvant aller de un à quatorze jours, rapporte l'OMS. Selon une étude portant sur 181 patients chinois atteints du Covid-19, 97,5% des patients qui développent des symptômes le font dans les 11,5 jours qui suivent leur contamination. Une étude portant sur les cinq premiers cas identifiés en France, publiée dans The Lancet, suggère quant à elle l'existence d'au moins trois tableaux cliniques différents d'évolution de la pathologie. Certains patients présentent peu de symptômes et s'orientent vers une "évolution spontanée rapidement favorable", décrit l'Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm). D'autres malades, dont l'état était rassurant dans les premiers jours, font face à une aggravation brutale de la maladie autour du dixième jour, malgré une diminution de la charge virale. Enfin, certains patients présentent d'emblée une forme grave de la maladie, avec une charge virale élevée dans les voies respiratoires.

Le profil des personnes à risque. Certains patients sont plus susceptibles que d'autres de développer une forme grave d'infection au coronavirus, selon le Haut Conseil de santé publique (HCSP). C'est le cas des personnes âgées de plus de 65 ans, qui représentaient 92% des décès et 50% des personnes hospitalisées en réanimation, entre le 1er mars et le 14 avril, selon le bilan épidémiologique de Santé publique France, publié le 16 avril. Certaines maladies augmentent également le risque de contracter une forme grave du Covid-19. Le HCSP dresse une liste des pathologies à risque : maladies cardiovasculaires, diabète, maladies chroniques respiratoires, insuffisance rénale chronique, cancers sous traitement, cirrhose, obésité morbide, immunodépression.

Ce que l'on ignore encore

L'origine du virus. Les scientifiques s'accordent sur l'origine naturelle du virus et la transmission par un animal est privilégiée. Des chercheurs chinois soupçonnent le pangolin, petit mammifère menacé d'extinction, d'avoir facilité la transmission du Covid-19 aux humains. La communauté scientifique internationale a jugé cette hypothèse plausible, mais elle n'est pas vérifiée. Les modalités de franchissement de la barrière des espèces ne sont pas encore éclaircies. Il y a "certainement" eu un hôte animal intermédiaire, a déclaré un porte-parole de l'OMS mardi, lors d'une conférence de presse. L'OMS a en revanche rejeté l'hypothèse d'une manipulation de laboratoire, comme l'a soupçonné Washington.

Les traitements pour lutter contre la maladie. Il n'existe pas encore à ce stade de traitement reconnu pour lutter contre le coronavirus. Plusieurs antiviraux font cependant l'objet de tests. Un vaste essai clinique européen, baptisé Discovery, évalue actuellement quatre traitement expérimentaux, dont la très controversée hydroxychloroquine. La course au vaccin est également lancée partout dans le monde. Plus de 150 projets seraient actuellement en développement dans le monde. En France, l'Institut Pasteur débutera des essais chez l'homme d'ici cet été, a précisé Florence Ader. "Personne n'imagine que l'on ait un vaccin avant 12 ou 18 mois", a estimé de son côté William Dab, ancien directeur général de la santé, mardi, sur franceinfo.

La raison des aggravations de la maladie. "Il est encore très difficile d'anticiper les patients qui vont développer des formes graves en comparaison des patients qui vont développer des formes moins graves", a admis Florence Ader dimanche. Si des profils à risque ont été détectés, les soignants peinent encore à anticiper l'aggravation brutale de la maladie chez certains patients, autour du dixième jour après l'apparition des premiers symptômes. Les "orages de cytokine", phénomène hyper-inflammatoire, conséquence d'une réponse immunitaire disproportionnée, pourraient jouer un rôle-clé dans ces cas graves. 

Les disparités entre hommes et femmes. "Pourquoi plus d'hommes sont infectés ? Pourquoi sont-ils plus nombreux à être hospitalisés ? Ce sont des questions auxquelles, pour l'instant, on ne peut pas vraiment répondre", a reconnu Florence Ader. En France, 16 068 des patients actuellement hospitalisés sont des hommes (soit 53,3% des hospitalisés) et 14 095 sont des femmes (46,7%), selon un décompte réalisé par Santé publique France et daté du 20 avril. Quelque 7 407 hommes sont morts du coronavirus à l'hôpital (soit 59,7% du total), contre 4 998 femmes (40,3%). Pour l'heure, il n'existe pas d'explication scientifique définitive pour expliquer ces différences. Plusieurs pistes sont cependant avancées, comme la sur-représentation des hommes dans les groupes à risques (hypertension, diabète ou maladies cardiorespiratoires). L'hypothèse génétique est également évoquée. Les œstrogènes, plus présents chez les femmes, pourraient stimuler les réflexes immunitaires pour éliminer le SARS-CoV-2, détaille le HuffPost.

Le comportement du virus chez les enfants. Les enfants seraient moins touchés par le virus que prévu. Les tests de dépistage pratiqués sur des enfants qui viennent consulter aux urgences pour des symptômes de Covid-19 reviennent "trois à cinq fois moins positifs" que ceux des adultes, indique Robert Cohen, pédiatre infectiologue à l'hôpital de Créteil, interrogé par franceinfo. Faut-il en déduire qu'ils contractent moins le virus ? La question reste en suspens. Plusieurs spécialistes estiment qu'ils présentent davantage de formes asymptomatiques que les autres. Reste aussi la question de leur contagiosité. L'hypothèse de départ était que les enfants étaient de forts vecteurs de la maladie, comme pour la grippe. Mais une étude sur le "cluster" des Contamines-Montjoie a montré qu'un enfant qui avait côtoyé 172 personnes n'en avait contaminé aucune. "Il est possible que les enfants, parce qu'ils ne présentent pas beaucoup de symptômes et qu'ils ont une charge virale faible, transmettent peu ce nouveau coronavirus", a ainsi expliqué l'épidémiologiste Kostas Danis, auteur principal de cette étude.

La durée de contagiosité. Si la chronologie de la maladie commence à être maîtrisée, plusieurs incertitudes subsistent, en particulier sur la contagiosité. Le malade pourrait être infectieux avant l'apparition des premiers signes cliniques. C'est ce que suggère une étude chinoise menée auprès de 94 patients, publiée dans Nature Medicine, dont les premiers résultats tendent à pointer une contagiosité des malades deux à trois jours avant l'apparition de symptômes. La durée de la contagion est également incertaine. Une étude publiée dans The Lancet révèle par exemple que le virus était encore détecté dans l'organisme des malades victimes d'une forme critique du Covid-19 jusqu'à 24 jours après. 

L'immunité contre la maladie. Peut-on être contaminé deux fois ? Les anticorps produits lors d'une première contamination nous protègent-ils ? Si oui, pour combien de temps ? "Nous ne savons pas si le fait d'avoir des anticorps est un élément absolu de protection. Et on ne va pas résoudre cela tout de suite", a confié Jean-François Delfraissy, président du Conseil scientifique sur le Covid-19, lors d'une audition au Sénat le 15 avril. Certains patients contaminés ne produiraient d'ailleurs pas d'anticorps séro-neutralisants, selon les premiers résultats d'une étude chinoise partagée sur la plateforme MedRxiv (en anglais, pas encore validée par un comité de lecture scientifique). La Corée du Sud et la Chine ont fait état de patients considérés guéris, à nouveau testés positifs. Pour l'heure, il n'est pas possible d'expliquer s'il s'agit d'une erreur dans le dépistage, d'une deuxième contamination ou bien si la charge virale n'avait pas totalement été éradiquée.

Les conséquences possibles sur le cœur et le cerveau. Outre les poumons, le virus pourrait s'en prendre au cœur et au cerveau, suggèrent des premières études. Certains cas suspects présentant des symptômes neurologiques (vertiges, troubles de la conscience...) ou des lésions cardiaques ont été signalés. Pour l'heure, les effets du coronavirus sur le système nerveux et sur le cœur restent peu documentés.

La variation géographique de certains symptômes. Si les signes cliniques les plus communs de la maladie ont rapidement été identifiés, d'autres ont surpris les infectiologues. La perte de goût et d'odorat constatée chez les patients européens n'a été que faiblement signalée en Chine. "Apparemment, il y a une expression différente du virus dans nos populations", avance Anne-Claude Crémieux, professeure en maladies infectieuses, auprès du Parisien. Mais cet effet n'a pour l'heure pas trouvé d'explication.